《员工手册》第六章考勤及节假日管理规定：员工有迟到或早退现象，当月无全勤奖，并根据具体迟到、早退情形进行如下处理：迟到或者早退超过60分钟，均视为旷工；旷工以半天为计算单位，不足半天按半天计，每旷工一天扣发当事人3倍日工资。

　　《考勤、节假日管理制度》关于标准工时制的上班时间、打卡管理、迟到或早退或旷工的处理、全勤奖的规定与《员工手册》的上述条款相一致。

　　某公司与陈某依法建立劳动关系，双方均应诚信、全面履行义务，双方的合法权益均受法律保护。

　　关于考勤违规处罚规定是否合法合理。

　　首先，某公司制定的《员工手册》《考勤、节假日管理制度》规定员工每次迟到或早退时间达到120分钟以上，按旷工一天计算，扣发三倍日工资，属于明显放大劳动者的违纪情节，加重劳动者的违纪责任。

　　直接导致的后果是劳动者的劳动报酬被不当减少。因此，上述规定违反公平原则，不具有合理性。

　　其次，《中华人民共和国劳动合同法》第三十条第一款规定，用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。

　　劳动报酬是劳动者付出劳动的合理对价，即使劳动者存在迟到、早退、旷工的行为，用人单位也应当按照劳动者的实际缺勤时间扣减相应工资，不得扩大劳动者的违纪后果。某公司的做法违反上述法律规定，不具有合法性。